Per chi ha Linux...soluzione pratica, veloce e gratuita: installare ed utilizzare ffmpeg, un vero coltellino svizzero per le conversioni video.
Su Ubuntu si installa con il solito
sudo apt-get install ffmpeg
E si trasforma il file voluto con:
ffmpeg -i fileoriginale.avi fileoutput.flv
Capisce da solo i formati...più comodo di così...
Edit: come vedete nel commento che segue, Vittorio mi consiglia Memcoder in quanto strumento più potente che permette oltre alla conversione di eseguire trasformazioni sui filmati. Riguardo a questo potete trovare un'ottima guida a questo indirizzo: http://www.vittoromo.it/blog/convertire-e-ruotare-filmati-usando-mencoder